除非是珍藏波鞋或腳汗嚴重等特殊情況，一般並不需要經常洗波鞋，兩至三個月一次已經足夠。正所謂過猶不及，若波鞋清洗得太過頻密，有可能會損壞波鞋的結構和表面材質，到時便得不償失。

一般波鞋品牌都不會建議使用洗衣機洗波鞋，因為洗衣機的滾筒暗藏很多傷害波鞋的「小陷阱」，容易刮傷波鞋表面的材質和裝飾。即使只作脫水風乾的程序，時間也不能過長，最好的方法是用洗衣袋把波鞋入好，再放五、六條舊毛巾進洗衣機和波鞋一起洗，以作保護。

清潔波鞋時在暖水中加入梳打粉，能清除頑固污跡，對白波鞋尤其有效！全因梳打粉的鹼性特質能滲入波鞋毛細孔，打散深蝕其中的污垢。

有些人以為把波鞋浸過夜，以為會洗得更乾淨，但這是不對的，畢竟波鞋某些部分的物料並非完全防水，尤其是縫線、黏合鞋底的膠水等結合位置，經歷長時間浸水可能會出現脫離的情況；某些波鞋物料更會因濕水而軟化變形。

比較專業的波鞋收藏家或鞋店店員，一般都會選用馬毛刷來清潔、擦拭波鞋，因為馬毛刷相對其他動物毛髮做的刷子柔軟，不會破壞波鞋的面料和材質。

清潔過後，波鞋必須自然風乾，切忌放在太陽下曝曬或拿風筒吹熱風，因為熱力會讓水分在短時間內瞬速蒸發抽乾，導致波鞋部分結構乾裂，下次再穿便很容破裂。

網絡傳聞牙膏能使波鞋更清潔亮白，這並非有錯，只是牙膏對波鞋表面材質具一定腐蝕性，有機會對鞋面造成破壞，所以用牙膏清潔波鞋後應徹底洗淨，亦可以清水浸泡五至六分鐘，讓殘留的牙膏自然滲出。其實很多清潔劑也不適合殘留在波鞋表面，除非是專為長時間保護、殺菌或除臭而設的產品，不然很容易與空氣、水分或光線發生化學化應，損害波鞋或導致變色。

如前所述，波鞋洗得太頻密反而會容易變舊變黃，所以我們應該養成即時清潔波鞋的習慣。平日出門時，可隨身攜帶簡單的清潔用品，如一包濕紙巾或近年流行的波鞋擦膠，一發現有污迹就立即清除，可以避免污迹累積起來或變得頑固，到時更難清洗。