腳汗絕對鞋臭的一大元凶，汗液中的尿素、乳酸本就會帶來汗餿味，過多的腳汗更會令細菌大量滋生繁殖，分解角質蛋白或其他有機特，從而產生臭味。當遇上雨天或潮濕天氣，波鞋內無法保持乾爽，鞋臭問題便會更加嚴重。

腳部常見的真菌叫白癬菌，也就是俗稱的香港腳菌，這些真菌不只會引起皮膚問題、令人痕癢不適並帶來腳鼻，而且比一般細菌更加頑固，水洗或太陽光照射等平常方法也無法將之殺滅。

一些波鞋的設計或物料本身或不利通風，如皮革或較厚、焗身的物料等，令雙腳無法好好呼吸、增加出汗、汗水無法排走、風乾，從而導致臭味問題。

預防當然勝於治療，但當波鞋已經發出異味，怎樣才可以安心地將之放進洗衣機清洗？首先，我們要把波鞋的鞋帶與鞋墊拆下；鞋帶可放進另一個洗衣袋，鞋墊則可用手洗。

為了避免波鞋被洗衣機滾筒內的凹凸處碰傷或刮傷，必須用洗衣袋裝好才放進洗衣機；鞋帶也要另外放進洗衣袋，以防打結。除了使用大小合適的洗衣袋，坊間還有一些立體洗衣袋（像洗胸圍用那種），可以更有效保護波鞋，不怕洗壞。

波鞋比一般衣物骯髒得多，所以不可能放在一起洗，但波鞋在空的洗衣機內會更容易與滾筒發生碰撞，而且滾筒內重量不平均亦會傷到洗衣機。這時候，可以在洗衣機內放入四至六條舊毛巾或抹地布之類，和波鞋一起洗，這樣就可以同時保護到波鞋和洗衣機。